Los Institutos Universitarios de Investigación acogen laboratorios para desarollar una parte importante de la actividad científica de la Universidad de Málaga y sirven como unidades de apoyo a proyectos, grupos y líneas de investigación. Los Institutos están adscritos al Vicerrectorado de Coordinación Universitaria.

> Centro de Bioinnovación
> Centro Andaluz de Nanomedicina y Biotecnología (BIONAND)
> Centro de Paisajismo, Urbanismo y Territorio
> Jardín Botánico
> Finca Grace Hutchinson
> Instituto de Hortofruticultura Subtropical y Mediterránea
> Centro de Investigaciones Médico Sanitarias
> Centro Temático Europeo para el Análisis e Información Espacial